Berdiri kokoh di Jalan Jenderal Sudirman Kota Pekalongan, SMP Negeri 13 tak sekadar menjadi institusi pendidikan, melainkan juga saksi bisu perjalanan sejarah panjang bangsa ini.

Bangunan sekolah ini pertama kali berdiri pada tahun 1928, berawal dari Holland Ambachtschool, sebuah sekolah teknik pertukangan yang didirikan oleh pemerintah kolonial Belanda. Lokasi awalnya berada di gedung yang disebut “Gajah” di Jalan Karimunan, yang kini dikenal sebagai Jalan Salak. Gedung itu dinamai demikian karena di sekitarnya terdapat patung-patung hewan besar yang mencolok, termasuk gajah.

Dalam bukunya "Rasa Swarga Gapuraning Bumi", sejarawan Bambang Adi Wahyu menyebutkan bahwa Jasper menyarankan agar pendidikan di Pekalongan menyatu dengan kegiatan seperti berkebun, berolahraga, bermain, dan berdarmawisata, sehingga tidak kaku seperti model sekolah Barat pada umumnya.

Seiring meningkatnya jumlah peserta didik, lokasi sekolah kemudian dipindahkan ke Jalan Jenderal Sudirman yang kini menjadi lokasi tetap SMPN 13. Luas tanah sekolah mencapai 14.835 m², dengan luas bangunan 4.246 m².

Pasca kemerdekaan, sekolah ini terus berkembang. Dari Sekolah Teknik Negeri dengan berbagai jurusan seperti Perkapalan, Listrik, dan Bangunan, kemudian berubah menjadi SLTP Keterampilan pada awal 1990-an. Transformasi besar terjadi pada tanggal 23 April 1994 melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Wardiman Djojonegoro, yang menetapkan peralihan fungsi menjadi SMP Negeri 13.

bangunan depan yang kini digunakan sebagai ruang kepala sekolah, tata usaha, guru, kantin, dan olahraga masih mempertahankan kerangka aslinya. Dengan nilai sejarah yang tinggi, pada tahun 2023, bangunan ini resmi ditetapkan sebagai cagar budaya Belanda.